公积金住房贷款和商业银行住房贷款的主要区别是：1)利率不同，商业贷款高，公积金低；住房公积金贷款利率低于商业银行。五年以内(含五年)住房公积金贷款年利率为4.14%，商业银行1-3年(含三年)最低为5.427%，3-5年(含五年)最低为5.508%；五年以上住房公积金贷款年利率为4.59%，同期商业银行个人住房贷款最低利率为5.751%。2)贷款对象要求不同，公积金贷款对象需要是住房公积金中心的存款人；商品房贷款不需要公积金储户。3)单笔贷款最高额度有不同规定。一般来说，商业银行住房贷款对单笔贷款最高额度没有规定；目前公积金贷款规定，在市区购房的双职工同时缴纳住房公积金的，最高贷款额不得超过20万元，单职工缴纳住房公积金的，最高贷款额不得超过10万元；在县城购房的双职工同时缴纳住房公积金的，最高贷款额不得超过12万元，单职工缴纳住房公积金的，最高贷款额不得超过6万元。4)单笔贷款最长贷款期限不同。商业银行住房贷款最长贷款期限不超过30年(实践中基本控制在20年以内)；目前，公积金贷款的最高贷款期限市区为20年，县城为15年。5)贷款方式不同，商业贷款是银行自营贷款，公积金是通过银行委托贷款