根据《物权法》关于合同效力与物权变动效力相分离的规定，小产权房买卖合同有效并不意味着房屋物权发生变动。我国的登记机构属于行政机关，必须执行国务院的决定，而国务院对小产权房的建设持禁止态度，对小产权房的买卖又限制较严，故登记机构可完全以遵循政府规定为由拒绝为小产权房办理物权变更登记。于是，有可能出现买房人持有效的买卖合同，但无法办理房屋所有权变更登记而不能取得房屋物权的情况。

破解这个问题的前提是明晰小产权房买卖合同有效产生的实际作用或法律效果。我们认为，其法律效果在于：第一，小产权房在民法范畴内属于可流通财产，不存在客体违法问题；第二，买方占有使用房屋是合法的，属于有权占有；第三，如果已经交付，卖方再以所有权未变更为由要求返还房屋，则因其不符合关于物权请求权的规定，其主张无法得到支持。

在此基础上，如果确实不能办理房屋所有权变更登记，可寻求债权法上的解决方案，即在宅基地(或集体建设用地)所有权之上成立法定租赁权。租赁权既可基于合同发生(意定租赁)，还可基于法律规定发生(法定租赁)。所谓“法定”，是非出于买卖双方的自由意思，而基于法律的直接规定当然发生的结果。例如，日本《假登记担保契约法》第10条(法定借地权)规定：“土地及其上建筑物属于同一人所有场合，就其土地为担保假登记时，于基于该暂登记为本登记场合，视为以其建筑物所有为目的而为土地的租赁。于此场合，其存续期间及租金，因当事人的请求，由法院定之。”我国台湾地区“民法”债编1999年修订后，增订的第425条也有类似规定。上述规定，即所谓土地及其上房屋所有人非同一人时成立的法定租赁权。众所周知，物权法并不能解决所有财富的拥有问题。房屋虽被买走，但宅基地(或集体建设用地)使用权却不能随房走，这样就不能适用《物权法》解决城镇居民购买小产权房的物权登记问题。此时，买受人不必非依赖物权登记保障自己的房屋权利，还可依靠债权法中的“法定租赁权”来解决其合法占有房屋的法权状态。这样，在同一块土地上成立三种权利：宅基地(或集体建设用地)所有权、宅基地(或集体建设用地)使用权、宅基地(或集体建设用地)法定租赁权。前两种法权为物权，第三种为债权。买受人能办理物权登记之场合，通过登记取得房屋所有权和宅基地(或集体建设用地)使用权；不能办理登记之场合，与土地所有人(即集体组织)之间成立宅基地(或集体建设用地)租赁关系，由买受人定期支付租金，且租赁期限可由法律明确规定，不受最长20年租期限制。这样，既实现了买房人合法占有使用宅基地(或集体建设用地)及合法拥有房屋的状态，也最大限度地维系了现存社会秩序的安宁与稳定，更是对诚信原则的遵守。

解决小产权房的方案很多，不必非在标的物是否合法、小产权房买卖合同是否有效、能否办理物权登记等纯法律问题上绕圈子，还可以考虑对小产权房的其他变通处理方案。例如，将这些房屋变成经济适用住房或者廉租房，用于当地社会保障，也省去了补交相关税费的麻烦；或者将这些房屋用作政策性租赁房由政府定价，交给农民组织管理。（例如，《成都市集体建设用地使用权流转管理暂行规定》第20条规定：“集体建设用地可以用于工业、商业、旅游业、服务业、建设农民住房、农村集体经济组织租赁性经营房屋。”）这样可以合理降低土地补偿费用，用租金作为农民稳定的长期收益，以解决土地被占用之后的农民就业与长期收入保障问题。

城乡一体化是我国经济社会发展的必然趋势，农村土地进入市场流通是其土地财产属性的自然回归。我们应当顺应这个趋势，在逐步放开小产权房流转的同时，积极制定配套措施来预防由此可能带来的一系列问题。